Rmarkdown

class: inverse, left, bottom
background-image: url("img/fondo.jpg")
background-size: cover

# **Rmarkdown**
----

## ** Generación de informes**

### Orlando Joaqui-Barandica, PhD
### 2024

---

class: inverse, left, bottom
background-image: url("img/Logo.jpg")
background-size: cover

---

<img src="img/gif1.gif" width="110%" />
]

.pull-right[
# Orlando Joaqui-Barandica
### [www.joaquibarandica.com](https://www.joaquibarandica.com)
 *PhD.(C) in Industrial Engineering* 
 
 *MSc. Applied Economics*
 
 *BSc. Statistics*
]

---

# Por qué R-Markdown?

---
class: bottom, center
background-image: url(https://media.giphy.com/media/11fDMHAzihB8D6/source.gif)

# `Crisis de reproducibilidad?`

---

# Cambia tu modelo mental

### Source &harr; output

]

### Source &rarr; output

]

---
class: middle, center

# Cambia tu modelo mental

### Source &harr; output

]

### Source &rarr; output

]

---

# Misma ~~Muñeca~~ Fuente

# Diferente ~~Vestido~~ Salida

---

# `html_document`

---
class: middle, center

# Qué hay adentro?

![](img/doc-make.jpg)

---
name: card0
background-image: url(img/card0.png)
background-size: contain

---
name: card1
background-image: url(img/card1.png)
background-size: contain

---

# Guarda las opciones de la salida en el YAML

```yaml
---
author: Your name here
title: Your title here
output: html_document
---
```

```yaml
---
author: Your name here
title: Your title here
output:
  html_document:
    toc: true
    toc_float: true
    theme: flatly
---
```

]

]

---
background-image: url(img/Single-rmd.png)
background-size: contain

---
background-image: url(img/Single-rmd1.png)
background-size: contain

---
background-image: url(img/Single-rmd2.png)
background-size: contain

---
background-image: url(img/Single-rmd3.png)
background-size: contain

---
class: middle center
background-image: url(img/Single-knit1.png)
background-size: contain

---

# Formatos de salida

]

https://rmarkdown.rstudio.com/docs/reference/index.html#section-output-formats

---

# Formatos de extensión de salida

---

# <center>Headers</center>

## HEADER 2

### HEADER 3

#### HEADER 4

##### HEADER 5

###### HEADER 6
```
]

## HEADER 2

### HEADER 3

#### HEADER 4

##### HEADER 5

###### HEADER 6
]

---

![](img/rmd-nav.png)

---

# <center>Text</center>

.pull-left[
```markdown
Childhood **vaccines**  
are one of the  
_great triumphs_  
of modern medicine. 
```
]

Childhood **vaccines**  
are one of the  
_great triumphs_  
of modern medicine.

]

---
class: top

# <center>Lists</center>

```markdown
Indeed, parents whose children are  
vaccinated no longer have to worry about  
their child's death or disability from:

- whooping cough, 
- polio, 
- diphtheria, 
- hepatitis, or 
- a host of other infections.

Vaccines are the most cost-effective health  
care interventions there are. We have   
three new, extremely effective vaccines to  
roll out in developing countries:

1. pneumonia
1. rotavirus
1. meningitis A
```

]

Indeed, parents whose children are  
vaccinated no longer have to worry about  
their child's death or disability from:

- whooping cough, 
- polio, 
- diphtheria, 
- hepatitis, or 
- a host of other infections.

Vaccines are the most cost-effective health  
care interventions there are. We have  
three new, extremely effective vaccines to  
roll out in developing countries:

1. pneumonia
1. rotavirus
1. meningitis A

]

---

# <center>Images</center>

```markdown
Este es un ejemplo respecto a las figuras

![](https://www.joaquibarandica.com/media/skill_hu5e0817b3199504e96bc15346cd22079f_177624_1200x1200_fit_q99_lanczos.jpg)
```

Este es un ejemplo respecto a las figuras

![](./img/Librerias.jpg)

---

# <center>Links</center>

```markdown
[Photo](https://www.joaquibarandica.com/media/skill_hu5e0817b3199504e96bc15346cd22079f_177624_1200x1200_fit_q99_lanczos.jpg)

Este es un ejemplo respecto a las figuras

![](https://www.joaquibarandica.com/media/skill_hu5e0817b3199504e96bc15346cd22079f_177624_1200x1200_fit_q99_lanczos.jpg)
```

[Photo](https://www.joaquibarandica.com/media/skill_hu5e0817b3199504e96bc15346cd22079f_177624_1200x1200_fit_q99_lanczos.jpg)

Este es un ejemplo respecto a las figuras

![](./img/Librerias.jpg)

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# Chunk

Una vez que controlamos como poner títulos, subtítulos y cabeceras y texto, podemos incluir análisis y resultados de R en el informe o tablero. Para ello debemos escribir el codigo de R entre una cabecera y pie que permite interpretar la sintáxis de `R` incluyendo un trozo o `chunk`:

````
```{r}

x <- 3 + 4

```
````

Este es un ejemplo de **chunk**
]

]

---

# Opciones de los chunk

La salida de chunk se puede personalizar con las opciones de a traves de argumentos establecidos.En la Guía de referencia de R Markdown se encuentra una lista completa de las opciones de los chunk. Los argumentos más comunes son los siguientes:

* **include = FALSE** evita que el código y los resultados aparezcan en el archivo terminado. R Markdown todavía ejecuta el código en el fragmento, y los resultados pueden ser utilizados por otros fragmentos. echo = FALSE impide el código, pero no aparecen los resultados en el archivo terminado. Esta es una forma útil de incrustar figuras.
* **message = FALSE** evita que los mensajes generados por el código aparezcan en el archivo terminado.
* **warning = FALSE** evita que las advertencias generadas por el código aparezcan en el final.
* **fig.cap = "..."** agrega un título a los resultados gráficos.

---

# message / warning

![](https://www.tidyverse.org/images/tidyverse_1.2.0/tidyverse_1-2-0_pkg_load.gif)

---

# message / warning

````
```{r message=FALSE, warning=FALSE}
library(tidyverse)
```
````

]

]

---

# Websites!

---
class: middle

<a href="https://rmarkdown.rstudio.com/" target="_blank"><img src="img/rmarkdown-site.png" width="80%" /></a>
]

---
class: middle

<a href="https://rmarkdown.rstudio.com/docs/" target="_blank"><img src="img/rmarkdowndocs-site.png" width="80%" /></a>
]

---
class: middle

<a href="https://community.rstudio.com/c/R-Markdown" target="_blank"><img src="img/rmarkdowncommunity-site.png" width="80%" /></a>
]

---
class: middle

<a href="https://rmarkdown.rstudio.com/lesson-6.html" target="_blank"><img src="https://raw.githubusercontent.com/rstudio/rmarkdown/gh-pages/lesson-images/params-1-hawaii.png" width="80%" /></a>
]

.footnote[https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/parameterized-reports.html, 
https://rmarkdown.rstudio.com/lesson-6.html]

---

# Gracias!!!

### ¿Preguntas?

]

### [www.joaquibarandica.com](https://www.joaquibarandica.com)

orlando.joaqui@correounivalle.edu.co

]